La marca Yamaha debe su nombre al fundador de la firma, Torakusu Yamaha, nacido en Nagasaki en 1851. Su primera fue un órgano. Pero por desgracia este órgano debía ser certificado por el Instituto de Artes de Tokio, que estaba a 320 kilómetros de dónde estaba, y a causa del trayecto, el órgano se desafinó y no recibió el certificado.
En 1887, Yamaha se asocia con Hawai y crea Nippon Gakki, empresa que años después sería muy conocida por sus órganos, sus harmónicas y sus pianos.
En 1916, muere el fundador de la marca de forma prematura y la firma es comprada por Kawakami. Durante los años de la guerra la producción de instrumentos musicales se aplaza un poco para fabricar abastecimiento para el ejército. En 1950 Kawakami le cede la empresa a su hijo.

Es gracias al hijo de Kawakami, Genichi, que Yamaha fabricó su primera motocicleta. Éste tenía la intención de diversificar la producción de la firma y vio la necesidad de este medio de transporte después de la guerra. Así en 1955 se creó la primera motocicleta con el nombre de Yamaha: La YA-1. Una moto de 125 cm3 que se inspiraba en la conocida moto DKW RT 125.
En 1957, gracias a un aumento del capital de la empresa, se fabrican dos nuevas motocicletas: la YC-1 de 175 cm3 y de 250 cm3. Además, se hace una tercera versión de la YA, la YA-3. Una versión más evolucionada estéticamente y más potente, de 250 cm3.
En 1959, el departamento de estilo japonés GK Design colabora por primera vez con Yamaha. El resultado es la YDS-1. La aceptación de este modelo es inmediata ya que el cambio de estética del estilo Yamaha era espectacular y muy acertado. En cuanto a motor, la YDS-1 era bicilíndrica y con una potencia de 246 cm3 y 20 caballos. En el 62 se hace la YDS-2 y en el 64 la YDS-3. Las versiones de esta moto llegaron hasta la YDS-7.
La primera scooter de la marca Yamaha se fabrica en el 1960. El modelo se llama Yamaha SC-1. Otra fecha remarcable para la escudería Yamaha es el 7 de Julio de 1963 cuando Fumio Ito hace que una moto Yamaha gane por primera vez una carrera de Grand Prix. Es en 1964 cuando Yamaha gana por primera vez un campeonato Grand Prix. El piloto era Phil Read en la cilindrada de 250 cm3. Además, era la primera vez que una moto japonesa ganaba un campeonato del mundo.